原核生物的轉(zhuǎn)錄終止有兩種形式，一種是依賴ρ(Rho)因子的終止，一種是不依賴ρ因子的終止。原核生物DNA沒有共有的終止序列，而是轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物序列指導(dǎo)終止過程。轉(zhuǎn)錄終止信號存在于RNA產(chǎn)物3’端而不是在DNA模板。

1、依賴ρ因子的轉(zhuǎn)錄終止

Rho因子是rho基因的產(chǎn)物，廣泛存在于原核和真核細胞中，由6個亞基組成，分子量300KD。Rho因子結(jié)合在新生的RNA鏈上，借助水解ATP獲得能量推動其沿著RNA鏈移動，但移動速度比RNA聚合酶慢，當RNA聚合酶遇到終止子時便發(fā)生暫停，Rho因子得以趕上酶。Rho因子與RNA聚合酶相互作用，導(dǎo)致釋放RNA，并使RNA聚合酶與該因子一起從DNA上釋放下來。

2．不依賴ρ因子的轉(zhuǎn)錄終止

這種轉(zhuǎn)錄終止方式是由于在DNA模板上靠近終止處有些特殊的堿基序列，即較密集的A-T配對區(qū)或G-C配對區(qū)，這一部位轉(zhuǎn)錄出的RNA產(chǎn)物3’端終止區(qū)一級結(jié)構(gòu)有7～20堿基的反向重復(fù)序列，能形成具有莖和環(huán)的發(fā)夾結(jié)構(gòu)，發(fā)夾結(jié)構(gòu)3’側(cè)7～9堿基后有4～6個連續(xù)的U。RNA轉(zhuǎn)錄的終止即發(fā)生在此二級結(jié)構(gòu)之內(nèi)或之后。當新生成的RNA鏈3’端出現(xiàn)發(fā)夾樣局部二級結(jié)構(gòu)時，RNA聚合酶就會停止作用，這可能是此二級結(jié)構(gòu)改變了RNA聚合酶的構(gòu)象，使酶不再向下游移動，磷酸二酯鍵停止形成，RNA合成終止。因此轉(zhuǎn)錄終止信號仍是RNA產(chǎn)物序列。在發(fā)夾結(jié)構(gòu)后的連續(xù)U使RNA-DNA雜交鏈含多個U-A堿基配對而不穩(wěn)定，容易解離，轉(zhuǎn)錄實際終止點在連續(xù)U末端的某一位點。局部解開的DNA恢復(fù)雙螺旋，核心酶從模板上釋放出來。