染色是生物顯微玻片標(biāo)本制作中最重要的環(huán)節(jié)之一。先把破壞細(xì)胞膜的選擇透過性，再使用染色劑，將生物組織浸入染色劑內(nèi)，使組織細(xì)胞的某一部分染上與其他部分不同的顏色或深度不同的顏色，產(chǎn)生不同的折射率，以便觀察。
　　
　　另外，銀染法也較常用。當(dāng)組織塊浸入硝xiao酸銀溶液中時，有的組織結(jié)構(gòu)能直接把硝xiao酸銀還原，使銀粒附于其上，呈棕黑色或棕黃色。有些結(jié)構(gòu)本身對硝xiao酸銀無直接還原能力，若加入還原劑，可使硝xiao酸銀還原沉淀顯色。
　　
　　在實驗中，為了能夠清楚地觀察到目標(biāo)組織或細(xì)胞，通常會采用染色的方式進行直觀驗證。面對形態(tài)各異的組織和細(xì)胞，研究學(xué)者們想到了多種多樣的染色方法以佐證自己的實驗結(jié)果。
　　
　　1、簡單染色法—常用堿性染料如美藍(lán)等進行簡單染色；
　　
　　2、革蘭氏染色法，主要包括結(jié)晶紫初染、碘液媒染、乙醇(或丙酮)脫色以及番紅復(fù)染四個過程；
　　
　　3、巴氏染色法：本法染色特點是細(xì)胞具有多色性顏色，色彩鮮艷多彩。涂片染色的透明性好，胞質(zhì)顆粒分明，胞核結(jié)構(gòu)清晰，如鱗狀上皮過度角化細(xì)胞胞質(zhì)呈橘黃色；角化細(xì)胞顯粉紅色；而角化前細(xì)胞顯淺綠色或淺藍(lán)色，適用于上皮細(xì)胞染色或觀察陰道涂片中激素水平對上皮細(xì)胞的影響。此方法的缺點是染色程序比較復(fù)雜。
　　
　　4、瑞特—吉姆薩染色法（wrightgiemsa atain）；多用于血液，骨髓細(xì)胞學(xué)檢查。胞質(zhì)內(nèi)顆粒與核安危質(zhì)結(jié)構(gòu)顯示較清晰。操作簡便。
　　
　　5、蘇木精—伊紅染色法（hemotoxylin eosin，HE）：又稱蘇木素-伊紅染色法，其中蘇木素是Hematoxylin，簡稱H，伊紅是Eosin，簡稱E，這是是普通光學(xué)顯微鏡觀察與鑒別細(xì)胞凋亡與細(xì)胞壞死的一種染色方法。
　　
　　這種方法適用范圍廣泛，對組織細(xì)胞的各種成分都可著色，便于全面觀察組織構(gòu)造，而且適用于各種固定液固定的材料，染色后不易褪色可長期保存。經(jīng)過HE染色，細(xì)胞核被蘇木素染成藍(lán)紫色，細(xì)胞質(zhì)被伊紅染色呈粉紅色。
　　
　　該方法染色透明度好，核與胞質(zhì)對比鮮明。染色步驟簡便，效果穩(wěn)定。適用于痰液涂片，觖質(zhì)核呈紫藍(lán)色，胞質(zhì)淡玫瑰紅色，紅細(xì)胞呈淡朱紅色。