首先，讓我們來回憶一下PCR鑒定的整個過程，主要包括樣本處理、配PCR體系、擴增、PCR產(chǎn)物電泳四個部分，接下來我們就從這幾個部分盤點PCR操作中的那些坑，請收下這份防坑指南。
1.樣本處理
PCR的第一個步驟就是處理樣本，這一步出問題后面的也就廢了。取樣后，如果不能馬上處理樣本，短期放4℃保存，長期放﹣20℃保存；此外，加完裂解液，要注意檢查樣本是否*浸沒在裂解液中。
2.PCR體系
簡而言之，PCR體系的要求就是“加對成分加對量"，就好比做一道菜，缺了任何一種材料或者量不合適，味道就不一樣了，而對PCR而言，缺了任何一種成分或者量不對，你就別想看到漂亮的目標條帶了。所以配體系的時候一定要專心,不要分心思考類似于今天中午吃什么這種哲學問題，注意所有的成分是否加對了，每種成分的量是否加對了。例如，酶的量很少，吸取的時候要注意有沒有吸到。
3.PCR擴增
就擴增而言，關鍵是要設計對程序，主要就是退火溫度及延伸時間。
退火溫度根據(jù)引物的Tm值而定，延伸時間按所用的酶來計算。
4.PCR產(chǎn)物電泳
終于到了令人激動的時刻，擴增好就可以進行瓊脂糖凝膠電泳出結果了。當然，在做之前你得提前把膠配好，膠的質量好壞也會影響結果。這個環(huán)節(jié)需要注意的就是選擇合適的膠濃度，膠溶解加熱時不要過久，水分蒸發(fā)過多濃度改變，但同時要保證膠溶解*。添加的染液要注意檢查是否過期變質。倒好膠后插梳子，注意除去氣泡，待膠凝固之后拔梳子要一氣呵成，然后給樣本加loading buffer，最后就可以上樣啦。
這一步我們要注意以下幾點：
可以每個孔加一點loading buffer檢測膠是否有漏。特別是當你覺得膠可能破了的時候一定要進行驗漏；
上樣的時候槍頭垂直加入，不要戳破膠孔，邊加邊抽出，防止噴涌出來，注意不要有氣泡；
上一個樣換一個槍頭，防止污染；
電泳液多次使用的話，最好頻繁更換，防止污染。
5.設置對照組
生物實驗一定要做對照，沒有對照就沒有說服力，而且設置對照有利于分析PCR鑒定失敗的原因。陰性對照及陽性對照所加體系與待測樣本一樣，只是加的樣本分別為無菌水及同個品系野生型小鼠的基因組模板。
陰性對照的意義：若是陰性對照也P出了條帶，說明有污染，實驗結果不可靠。
陽性對照的意義：如果陽性對照也沒P出來，說明體系、條件或是操作有問題。
接下來就給大家分析一下PCR的常見問題以及改進的建議，PCR成功的原因只有一個，而失敗的原因卻千千萬，每個步驟都要細心謹慎，祝大家都能跑出漂亮的條帶。
PCR常見問題及建議
1.沒有條帶
原因1.1 ：樣本。樣本放置太久失效；樣本裂解步驟出問題，比如組織沒有浸沒到裂解液中；樣本有裂解到但是DNA濃度低，跟取樣有關，毛發(fā)太多組織太少，會導致裂解不出太多DNA。
建議：當然是重新取樣提取DNA了，取樣大小適中，裂解時注意組織是否*浸沒到裂解液中。
原因1.2： PCR反應體系。少加酶、引物、dNTP、緩沖液等均會導致目標片段擴增不出來。
建議：配體系加樣時，自行開啟勿擾模式，心無雜念，心里默念：每種成分都加了嗎？量都加對了嗎？
原因1.3： 操作問題。比如是否把酶放置在冰上，常溫放置過久會使酶失活；加各體系的時候，是否有吸取到再加進去。
建議：記住冰在酶在，即使是融酶也要放冰上融，拿手握住酶或是常溫放置，被老板看見是要被打的。
2.抹帶
PCR擴增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。
原因：往往是由于酶量過多或酶的質量差、dNTP濃度過高、Mg2+濃度過高、退火溫度過低、或循環(huán)次數(shù)過多及引物不特異等引起的。
建議：減少酶量或換另一來源的酶；減少dNTP的濃度；適當降低Mg2+濃度；增加模板量；減少循環(huán)次數(shù)。最/有效的方法就是提高退火溫度，或者更換引物（引物不特異也會造成抹帶）。
3.條帶比較暗
原因3.1：酶。
建議：條帶弱的情況加多酶量，一半都能得到改善。實驗表明，PCR酶對DNA具有一定的偏好性，如果使用一種酶經(jīng)過優(yōu)化也難以獲得理想擴增時，可以嘗試別的PCR酶。
原因3.2：模板、引物。
建議：確保模板和引物的品質，保證沒有降解。用合適的試劑盒回收樣本，或者進行膠回收得到純凈的DNA樣本是不錯的選擇，或者直接加多模板，提高反應體系中DNA的濃度。
原因3.3：反應體系與條件
建議：增強循環(huán)數(shù)、降低退火溫度、適當升高Mg2+工作濃度，都可以提高擴增效率，但同時會導致特異性下降，需要根據(jù)具體的實驗要求優(yōu)化合適的條件。
PCR失敗的原因千千萬，操作情況因人而異，所以實驗小白們在操作時可以請師兄師姐幫忙看一下，他們會發(fā)現(xiàn)許多你都注意不到的操作錯誤，及時糾正過來就好了，不然每次操作都出同樣的錯誤，而自己又不知道錯在哪，覺得自己是按著步驟和要求來做的啊，怎么就出問題了，反復操作還是這樣，簡直讓人懷疑人生。
